Генерално се не препоручује чишћење високоефикасних филтерских елемената, већ њихова директна замена.
Високоефикасни филтери, било да се користе у пречишћивачима ваздуха или у вентилаторима свежег ваздуха, генерално се не препоручују за чишћење због њихове високе ефикасности филтрације. То је зато што ће дизајн и материјал високоефикасног филтерског елемента значајно смањити његову ефикасност филтрације када се прашина напуни, а може чак и утицати на ефикасност пролаза свежег ваздуха због зачепљења. Поред тога, покушаји чишћења високоефикасног филтера могу узроковати зачепљење честица унутар филтера, погоршавајући његову деградацију. Стога, за високоефикасне филтерске елементе, препоручљиво је директно заменити нови филтерски елемент како би се осигурао нормалан рад и ефекат филтрације опреме.
Иако се неки филтерски елементи средње ефикасности и примарног учинка могу очистити према захтевима произвођача, ово се не односи на високоефикасне филтерске елементе. Због тога, приликом одржавања такве опреме, посебну пажњу треба посветити разликовању различитих типова филтерских елемената и поштовању препорука произвођача како би се обезбедиле перформансе и животни век опреме.